新發傳染病往往對人類健康、社會穩定和經濟發展帶來巨大沖擊，因此其防控一直受到政府和全社會的高度重視。據統計，引起全球人類新發傳染病疫情的病原體70%以上來自野生動物源性病原體的跨種感染。然而由于以往我們對野生動物病原體的背景及特征缺乏系統性的研究，當面對新發傳染病暴發時，嚴重制約了診斷、溯源、防治并采取及時有效的防控措施。因此，闡明與人類新發傳染病關聯性密切的野生動物病毒組特征，并以此為基礎建立新發傳染病監測、預警、診治和溯源等防控體系，實現新發傳染病防控由被動應對轉向主動防控已成為全球傳染病防控和科學工作者的共識。2017年底《科學》雜志發表文章全面闡述了開展全球野生動物病毒組研究的意義。

翼手目動物（蝙蝠）和嚙齒目動物（鼠類）數量多、分布廣，是引發動物源性人類新發傳染病的兩大類最主要的哺乳類野生動物。金奇課題組的吳志強副研究員等繼2016年在《ISME Journal》等雜志發表系列文章初步揭示了全國范圍內代表性蝙蝠呼吸道/消化道病毒組特征后，接續與國家疾病預防控制中心等國內外單位合作共同開展了中國境內嚙齒目動物攜帶病毒組特征的研究工作，通過對覆蓋中國20個省市自治區和直轄市55個種共計3055只嚙齒動物等小動物樣本的病毒篩查分析，利用得到的65.6GB的測序數據發現我國嚙齒目動物的病毒涉及70個病毒科（包含23個哺乳動物病毒科），鑒定獲得了超過600個新的型/亞型病毒，可分類為203個新的病毒種。其中一些重要病毒如漢坦病毒、砂粒病毒、冠狀病毒和動脈炎病毒等基因組結構、分布地域和宿主等特征。

上述研究為國際上首次大范圍、多鼠種、全病毒組的研究，該類數據和特征體系的構建不僅有助于全面了解動物病毒生態的多樣性，而且為構建動物源性傳染病預警、溯源診治體系提供了重要基礎，為提升我國新發突發傳染病防控能力提供了技術支撐。此外，該項工作也為我所重大突發公共衛生事件等科技支撐能力建設等提供了保障。