淋病是由淋病奈瑟菌引起的全球主要公共衛(wèi)生問題之一。據(jù)世界衛(wèi)生組織估計，在15-49歲人群中每年有7800萬新發(fā)感染。我國淋病發(fā)病率在2016年至2017年間增長了20.7％。特別是近年來淋病奈瑟菌對抗生素耐藥現(xiàn)象的擴散已大幅降低使用抗生素治療淋病的有效性，從而嚴重威脅淋病控制效果。因此，追蹤耐藥淋病奈瑟菌的傳播是全球監(jiān)測計劃的一個主要工作。全基因組測序（WGS）已在北美，歐洲和太平洋地區(qū)的多個國家使用，以確定淋病奈瑟菌對抗生素的易感性在國家或地區(qū)淋病傳播中的影響。

在中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與健康科技創(chuàng)新工程資助下，我所與醫(yī)科院皮研所合作，從中國淋病奈瑟菌抗性監(jiān)測計劃中獲得了分離自11個省、市、自治區(qū)的435株臨床分離株，其中包括112株頭孢曲松低敏株。這些菌株基于多位點序列分型（MLST）研究發(fā)現(xiàn)流行的主要序列型（ST）是ST7827、ST7365、ST1600、ST7367和ST7363，未發(fā)現(xiàn)美國的主要流行型別ST1901。研究組采用二代測序技術(shù)完成了435株淋病奈瑟菌的全基因組測定和分析，將目前國際數(shù)據(jù)庫中的2077株淋病奈瑟菌全基因組數(shù)據(jù)納入數(shù)據(jù)集進行全面的系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn)，淋病奈瑟菌在進化過程中分為兩個譜系：譜系1和譜系2。美國的主要流行型別ST1901主要分布于譜系2.6和2.1，且分布于譜系2.6的ST1901菌株主要是頭孢低敏/耐藥克隆群，分布于譜系2.1的ST1901菌株是頭孢敏感克隆群，這種區(qū)別是傳統(tǒng)的分型方法無法區(qū)分的。我國的菌株中分布于譜系2.8的ST7363菌株均含有易導(dǎo)致頭孢耐藥的馬賽克penA結(jié)構(gòu)，且對頭孢曲松的最低抑菌濃度明顯高于分布于譜系2.6的ST7363菌株。

該研究評估了淋病奈瑟菌抗生素耐藥性基因型與表型之間的關(guān)聯(lián)，并與來自美國和英國的淋病奈瑟菌全基因組數(shù)據(jù)進行了比較基因組學(xué)研究，發(fā)現(xiàn)我國的主要流行型別與歐美的流行型別不同。根據(jù)系統(tǒng)發(fā)育分析提出了全新的淋病奈瑟菌分類方法。該研究是亞洲第一個在國家層面基于WGS的淋病奈瑟菌研究工作，其研究結(jié)果不僅可以用作中國未來研究的基線數(shù)據(jù)，也有助于了解耐藥淋病奈瑟菌在區(qū)域和全球?qū)用娴膫鞑デ闆r。