迄今為止，絕大多數在人間流行的傳染病病原體都被證實或高度懷疑來源于野生動物宿主或者媒介生物攜帶病毒的跨種傳播，如埃博拉病毒、拉沙熱病毒和當前引起全球大流行的新型冠狀病毒等。以往我們對野生動物攜帶病毒的總體特征缺乏系統性研究，對其遺傳多樣性、進化特征和變異規律等基礎問題缺乏研究，在面對新發傳染病暴發時，不能快速溯源其源頭，因此，亟需闡明與人類新發傳染病密切關聯的野生動物及媒介生物攜帶的病毒組特征，加強其基礎病毒學及病原學研究，并以此為基礎建立完善的監測、預警和溯源體系，從而實現新發傳染病防控由被動轉向主動的轉變，真正將防控關口前移。

翼手目動物（蝙蝠）和嚙齒目動物（鼠類）數量多、分布廣，是引發動物源性人類新發傳染病的兩大類最主要的哺乳類野生動物。金奇課題組的吳志強研究員等繼2016年在《ISME Journal》、2018年在《Microbiome》等雜志發表系列文章初步揭示了全國范圍內代表性蝙蝠和鼠類呼吸道/消化道病毒組特征后，在傳染病防治重大科技專項“一帶一路”項目的支持下與泰國農業大學等東南亞地區優勢單位合作開展了東南亞地區嚙齒目動物攜帶病毒組特征的研究工作，通過對覆蓋泰國、老撾和柬埔寨三國18個省30個物種共計3284只鼠類和食蟲類等小動物的肺組織樣本宏轉錄組學分析，發現東南亞地區的嚙齒目動物的病毒涉及98個病毒科（包含24個哺乳動物病毒科）和多種未分類的RNA病毒，鑒定獲得了216個新病毒種/株。其中一些重要病毒如漢坦病毒、砂粒病毒、白蛉病毒、黃病毒和未分類RNA病毒等。

上述研究為國際上首次針對東南亞地區開展大范圍、多鼠種的病毒組研究，其結果不僅有助于全面了解動物病毒生態的多樣性，而且為構建動物源性傳染病預警、溯源診治體系提供了重要數據，為提升我國應對境外新的動物病毒及可能引發的新發傳染病提供了技術支撐。

該工作得到了國家科技重大專項（2018ZX10101001和 2018ZX10711001），國家自然科學基金（81772228）和中國醫學科學院醫學與健康科技創新工程（2020-I2M-CoV19-010, 2016-I2M-1-014和2017-I2MB&R-12）等項目的資助。