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楊劍
個人簡介
楊劍，男，博士，研究員，先后畢業于南京大學和中國科學院生物物理研究所，現任中國醫學科學院病原生物學研究所課題組長。長期在國內從事微生物基因組學相關的生物信息學研究，通過大數據整合與挖掘、設計通用分類方案、開發在線識別系統和卷積神經網絡模型等，成功建立國際上最大的病原細菌毒力因子數據平臺，并揭示了細胞外可伸縮注射系統和毒素復合體等多種毒力因子的遺傳多樣性和結核分枝桿菌的耐藥性特征，通過生物信息學探索推動了相關病原菌的致病和耐藥機制研究。同時，面向新發傳染病防控重大需求，在國際上最早探索基于宏基因組的病原體高通量篩查數據挖掘新方法，并建立了全球首個重要疫源生物相關病毒數據平臺，參與近年來的多次重大疫情相關病原體鑒定和數據分析，為我國新發傳染病疫情防控能力提升貢獻了力量。2009年入選北京市科技新星，2016年榮獲中華醫學科技獎二等獎（排名第三）。曾先后主持承擔國家自然科學基金、國家973計劃、國家重點研發計劃和國家科技基礎資源調查專項等多項科研項目。作為第一或通信作者（含并列）在Nucleic Acids Research、Nature Microbiology、Science Advances、Cell Reports、Bioinformatics等國際期刊發表SCI論文三十余篇，累計被同行引用超過四千次，H指數20。其中三篇論文位列ESI高被引論文，并有一篇入選“2019年中國百篇最具影響國際學術論文”。
研究方向
病原微生物基因組學數據整合與挖掘
科研項目
2022.10-2025.9，國家科技基礎資源調查專項項目，中國熱帶及亞熱帶生態圈主要疫源生物攜帶病毒資源調查，2022FY100900，項目負責人
2020.1-2023.12，國家自然科學基金面上項目，基于深度學習的病原菌毒力因子識別和預測，31970635，課題負責人
2016.7-2018.12，國家重點研發計劃“生物安全關鍵技術研發”專項非公開項目，課題負責人
2009.1-2013.8，國家973計劃課題，重要致病性腸桿菌微進化的研究，2009CB522603，課題負責人
研究成果
1、Yan MY*, Zheng D*, Li SS*, Ding XY, Wang CL, Guo XP, Zhan L, Jin Q#, Yang J#, Sun YC#, Application of combined CRISPR screening for genetic and chemical-genetic interaction profiling in Mycobacterium tuberculosis. Sci Adv. 2022. 8(47): eadd5907.
2、Liu B*, Zheng D*, Zhou S, Chen L#, Yang J#, VFDB 2022: a general classification scheme for bacterial virulence factors. Nucleic Acids Res. 2022. 50(D1): D912-7.
3、Zhou S*, Liu B*, Han Y, Wang Y, Chen L#, Wu Z#, Yang J#, ZOVER: the database of zoonotic and vector-borne viruses. Nucleic Acids Res. 2022. 50(D1): D943-9.
4、Song N*, Chen L*, Zhou Z*, Ren X, Liu B, Zhou S, Wang C, Wu Y, Waterfield NR, Yang J#, Yang G#, Genome-wide dissection reveals diverse pathogenic roles of bacterial Tc toxins. PLoS Pathog. 2021. 17(2): e1009102.
5、Zheng D*, Pang G*, Liu B, Chen L, Yang J#, Learning transferable deep convolutional neural networks for the classification of bacterial virulence factors. Bioinformatics. 2020. 36(12): 3693-702.
6、Chen L*, Song N*, Liu B, Zhang N, Alikhan NF, Zhou Z, Zhou Y, Zhou S, Zheng D, Chen M, Hapeshi A, Healey J, Waterfield NR#, Yang J#, Yang G#, Genome-wide Identification and Characterization of a Superfamily of Bacterial Extracellular Contractile Injection Systems. Cell Rep. 2019. 29(2): 511-21.
7、Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L#, Yang J#, VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res. 2019. 47(D1): D687-92.
8、Hicks ND*, Yang J*, Zhang X*, Zhao B*, Grad YH, Liu L, Ou X, Chang Z, Xia H, Zhou Y, Wang S, Dong J, Sun L, Zhu Y, Zhao Y, Jin Q, Fortune SM, Clinically prevalent mutations in Mycobacterium tuberculosis alter propionate metabolism and mediate multidrug tolerance. Nat Microbiol. 2018. 3(9): 1032-42.
研究生培養
近五年培養博士研究生5名，其中1人次獲得國家獎學金、1人次入選北京市優秀畢業生、3人次入選北京協和醫學院優秀畢業生。